Mednafen - это отличный мультиплатформенный эмулятор, который эмулирует следующие платформы: Atari Lynx [lynx], GameBoy (Color) [gb], GameBoy Advance [gba],  Neo Geo Pocket (Color) [ngp], Nintendo Entertainment System/Famicom [nes], PC Engine (CD)/TurboGrafx 16, (CD)/SuperGrafx [pce], PC-FX [pcfx], Sega Game Gear [gg], Sega Genesis/MegaDrive [md], Sega Master System [sms], Sony PlayStation [psx], Super Nintendo Entertainment System/Super Famicom [snes], Virtual Boy [vb], WonderSwan [wswan]

Качество эмуляции очень даже хорошее.
Присутствует поддержка графических фильтров.

Хороший эмулятор NES и FDS для Linux. Запуск из командной строки.

Мультиплатформенный эмулятор (бывший bsnes) для Linux, ориентированный на точность эмуляции, без хаков для отдельных игр и т.п.
Поддерживает эмуляцию: NES / Dendy Super Nintendo Game Boy (Color) Game Boy Advance

Эмулятор NES. Порт FakeNES для Linux.

Отличный эмулятор NES / Famicom и Famicom Disk System для Linux с пользовательским интерфейсом на GTK2 (до версии 0.90, далее Qt). Поддержка большого количества мапперов, сохранений, фильтров, режима эмуляции Dendy и прочих возможностей.
BIOS для Famicom Disk System положить в "$HOME/.puNES/bios/disksys.rom".

Лучший эмулятор NES / Dendy / FDS для Linux, основан на FCE Ultra.

Отличный японский эмулятор Dendy (NES) и FDS. Множество возможностей, среди которых: видео фильтры, поддержка turbo-кнопок, ускорение / замедление игры, поддержка светового пистолета, запись / повтор игрового процесса игры. Имеет превосходную совместимость, особенно с японскими играми. Когда-то был самым продвинутым эмулятором NES, но сожалению давно не обновляется и потихоньку сдает позиции.

Мультисистемный эмулятор приставок Sega Mega Drive, Sega Master System, Sega Game Gear, Nintendo Entertainment System и аркадного автомата Sega System E. Имеет оригинальный 3D-интерфейс, в виде игровой комнаты с игровыми автоматами, телевизорами. Также есть встроенная база данных игр и обложки.

Эмулятор NES для Windows. Это концепт-эмулятор, главной особенностью которого является - обратная пересмотра игрового процесса в реальном времени (real-time rewind).

Довольно продвинутый эмулятор NES / Dendy c открытым исходным кодом для Windows. Среди его возможностей: dendy-режим (hybrid), отладчик, запись видео, настройка цветовой палитры, game genie, редактор заголовков РОМа и прочее.